研究性学习与常规教学有着许多根本性差异：
首先，常规教学是以大纲为依据，以教材内容为主要学习对象，教学活动均受大纲和教材的制约，其教学活动是以接受教材提供的知识为主要学习目的；注重知识及信息的'积累，讲究知识体系和学习的系统性，其接触面相对较窄。而研究性学习则受研究对象的牵引，根据课题中出现的种种问题汲取相关知识，注重知识的实用性（而不注重其系统性）；注重学会如何获取知识，如何收集信息。
其次，常规教学活动中学生相对被动，教学模式多为教师示范在前，讲解在先，学生模仿、识记随后，考试是学习直接的主要的压力或动力，教学活动的直接目的是通过考试或在考试中得到好成绩。而研究性学习活动中学生的主动性相对较强，由于课题是学生自选的，面对研究过程中出现的各种问题，学生能够根据问题情景的相关信息，寻求解决问题的知识。
研究性学习强调学生独立自主的学习，但不是孤立地、自我封闭地学习相反，它需要良好交流研讨的氛围，来扩大学生的信息量，提高学生处理信息的能力，以及口头表达能力、逻辑思辨能力等。它还需要一种良好的的竞争环境，来激发学生的进取意识，提高研究性学习效率，培养学生积极迎接挑战的一种心态。因此，开展研究性学习活动时，还应注意做好组织工作，创造良好的氛围。可以以两张课桌为单位，每四人为一组，即便于课堂上组织讨论交流，又能确保分工合作的效率（人太多，个人的发言机会、工作量就减少，且易于出现滥竽现象；人太少，信息交流量太少，不能形成研讨氛围）
此外，在指导研究性学习过程中，往往存在着许多无法预见的问题，如无法预料学生在汇报课题时会提出什么样的观点、什么样的信息材料；无法预料其他会对他们提出什么问题；更无法预知他们会作何答辩。这就要求指导老师除预先熟悉该组研究课题以外，能在课堂上对各种分至杳来的观点、信息、问题以及各种意想不到的情境做出尽可能恰当的调整和反应。这是指导研究性学习的一项重要的基本功，它要求指导老师无论出现什么问题、什么情境，都能积极引导学生运用所学的知识对各种信息、问题进行分析、比较、衡量；引导他们不断研究课题，并把每一组课题研究中个人行为衍化成全班学生均能普遍得益的收获。
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