种子萌发时首先突破种皮的胚根，它会发育成幼苗的根，胚芽会发育成幼苗的.茎和叶，胚轴会发育成根和茎连接部分。种子是种子植物特有的器官，其主要功能是繁殖。
种子一般由种皮、胚和胚乳3部分组成，有的植物成熟的种子只有种皮和胚两部分。种子的形成使幼小的孢子体胚珠得到母体的保护，并像哺乳动物的胎儿那样得到充足的养料。种子还有种种适于传播或抵抗不良条件的结构，为植物的种族延续创造了良好的条件。
种子大小的差异悬殊，各有其生物学上的意义。例如椰子的种子很大，每株结实数量有限，由于种子极易萌发，种子内又富含液体胚乳，营养充足，这样就可得到“重点保证”。而那些体积极小的种子，则以多取胜，虽然它们只有占总数很少的种子能够萌发，但仍可产生大量后代。许多一年生杂草植物，就是以这种方式进行大量繁殖的。
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