1、科属不同
沙鳗为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、合鳃鱼目、合鳃鱼科、黄鳝属热带及暖温带鱼类，而鳗鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鳗鲡目、鳗鲡亚目鱼类。
2、分布区域不同
沙鳗在我国沿海均有分布，喜好在海底石缝穴居，而鳗鱼主要分布在长江、闽江、珠江流域等湖泊中。
3、外形不同
沙鳗的头部比较大，前端略呈锥状，身体细长呈圆筒形。上下颌及口盖骨上有绒毛一样的细齿，体表无鳞比较光滑。尾鳍与臀鳍、背鳍紧密连一起，并且比较小，只留下很不明显的细小皮褶，无腹鳍和胸鳍。而鳗鱼外表看起来圆碌碌，似圆锥形，色泽比较乌黑。身体细长，前部呈圆筒状，后部侧扁，从外形上观察两者是有很大不同的。
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