1、微生物是个体难以用肉眼观察的一切微小生物的统称，其中许多种类是单细胞生物，就是一个生物个体只有一个细胞。绝大部分微生物需要用显微镜才能看清楚。包括细菌、真菌、病毒以及一些小型的原生生物、显微藻类等，还包括介于它们之间的一些中间类型生物，如放线菌、支原体、衣原体、立克茨氏体等。它们的共同特点是个体微小，但它们是自然界及生态系统中的重要一环，并与人类关系密切。
2、有些能用肉眼看清楚的生物，因为与微生物的性质相同，或其生长的某一阶段无法用肉眼准确观察，也归入微生物一类，如蘑菇等，叫大型真菌。
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