1、大蝙蝠亚目，体型一般较大。眼大，视觉好，能在弱光下不依赖回声定位飞行。吻较长。以花果为食。仅1科。
2、狐蝠科，有42属166种，分为2个亚科：狐蝠亚科和长舌狐蝠亚科。分布于旧大陆热带、亚热带地区，以东南亚和非洲种类最多。中国有5属7种，见于华南区，包括台湾和海南省。均为植食性，其中大型的种类多以果实为食，小型种类主要食花蜜。夜行性远距离飞行觅食，有时可达15公里。主要靠嗅觉发现食物。仅棕果蝠等少数属有超声定位功能。大型者多聚居，小型者多独栖。终年繁殖，或集中在9-11月间，翌年2月产仔。最多每年1胎，每胎1-2仔。饲养条件下可活20年。
3、小蝙蝠亚目，多数体型较小。眼小，回声定位系统发达。吻较短。以食昆虫为主，少数食花果或吸血。
4、鼠尾蝠科，有1属3种。分布于亚洲南部到非洲北部。无鼻叶的中小型的蝙蝠。最显著的特征是有非常长的尾巴，是所有蝙蝠中尾巴最长者，几乎和身体等长。食虫性。比较适应干旱和半干旱的环境。
5、凹脸蝠科（混合蝠科），仅1属1种，即凹脸蝠（混合蝠）。于1973年发现于泰国西部。体长仅3厘米左右，体重不到2克，是最小的翼手目动物，但翼展却有17厘米。口鼻部略似猪鼻，无鼻叶，耳大而有隆起的耳屏，无尾。以昆虫为食。
6、鞘尾蝠科，有13属46种。广布于世界热带、亚热带地区。无鼻叶，尾部被尾膜包裹而尾尖突出在尾膜上，故名。喉部有可以分泌芳香分泌物的小囊，用以吸引异性。适应多种不同生活环境，但是一般不远离树木，主要食昆虫，有时也食果实作为补充。
7、假吸血蝠科（巨耳蝠科），仅4属5种。分布于非洲至大洋洲。体大，无尾，鼻叶发达，耳大而圆。原认为吸血，因而引人注意，现知其食肉，以其他蝙蝠、蜥蜴、小鼠等为食，故名。
8、菊头蝠科，有10属129种，包括2亚科：菊头蝠亚科（1属63种）和蹄蝠亚科（9属66种）。主要分布于世界热带和亚热带地区，少数分布于温带。因有结构比较复杂的马蹄形鼻叶而得名，蹄蝠类稍弱，从鼻孔而非从嘴中发出声纳，耳朵较大但没有耳屏。常不同种十几只或几十只集群共居一个山洞，季节性出现同性群。不畏光，不甚畏人。捕食蚊、鳞翅目昆虫。
9、兔唇蝠科，仅1属2种。分布于拉丁美洲的。体强壮。兔唇蝠又称猛犬蝠，食鱼蝠，以食鱼著称，是仅有的以鱼为主食的蝙蝠。口鼻部尖而没有鼻叶，耳朵大而有小的耳屏，爪子锋利，可以抓住长达10厘米的小鱼，也能用爪子捕捉昆虫。
10、髯蝠科（妖面蝠科），有2属8种。分布于美国亚利桑那州到巴西之间。无鼻叶，但唇和颊有复杂的皮褶，下唇似盘状膨大，耳很大并有复杂的耳屏。食虫性，其嘴部结构可能有助于捕食昆虫，喜群居，常在洞穴中结成大群。包括妖面蝠属（怪脸蝠属）和裸背蝠属。
11、叶口蝠科，有50属139种，分为8个亚科：叶口蝠亚科、长舌蝠亚科、狭叶蝠亚科、花叶蝠亚科、长舌叶口蝠亚科、短尾叶口蝠亚科、尖皮蝠亚科、吸血蝠亚科。分布于南美洲。鼻叶发达，有耳屏。体型和习性多样化。食性复杂，包括食虫、食果实或花蜜、食肉甚至吸血者。吸血蝠亚科的3种吸血蝠有时也单列为吸血蝠科，是陆生脊椎动物中仅有的吸血的成员，常在地面用四肢灵活行走。
12、长腿蝠科（筒耳蝠科），仅1属5种。分布于南美洲。体型较小，体长仅3～5.5厘米。两鼻孔接近，无鼻叶；耳朵大而呈漏斗型，有厚而弯曲的耳屏。四肢和尾均细长，尾被尾膜所包裹。雄蝠额头上有一个鳞茎状的分泌腺，其功能不明。食虫性，居住在多岩洞地区。
13、烟蝠科（狂翼蝠科），仅2属2种。分布于中美洲到南美洲西北部。体较小，体长约4～6厘米。拇指退化而包裹在翼膜中。无鼻叶，耳朵呈漏斗状，有小的耳屏。食虫性，居住在岩洞中。
14、吸足蝠科，仅1属1种，即吸足蝠。分布于马达加斯加岛。拇指和脚侧处特化为吸盘。耳朵尾巴均长，耳屏方型，和耳朵前缘相融合。与盘翼蝠形态和习性相似，是趋同近化的结果。
15、蝙蝠科，有36属316种，分为5亚科：彩蝠亚科、蝙蝠亚科、管鼻蝠亚科、长翼蝠亚科、裂豆蝠亚科。有耳屏，无鼻叶，但有些种类有褶皱，尾通常被尾膜包裹。多为食虫性，个别种食鱼。分布于较寒冷地区的种类有冬眠或者迁徙的习性。
16、短尾蝠科（髭蝠科），仅1属2种分布于新西兰。其中强壮短尾蝠已灭绝，现仅存短尾蝠（髭蝠）。嘴上有浓密的触须，尾部短，耳朵大，耳屏长而狭窄。是所有蝙蝠中最常在地面活动的种类，可以灵活的用四肢在地面行走。食虫，也食果实和花蜜。
17、犬吻蝠科，有12属79种。广布于世界热带、亚热带地区，少数分布在温带。吻宽阔，有些种类嘴唇有褶皱，没有鼻叶。尾长，部分露于尾膜之外，略似鼠尾。翅膀扇动频率比其他多数蝙蝠更快，飞行迅速。多数1653种类高度群居性，结成大群居住在岩洞、树洞甚至建筑物中。
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