牡丹江本市的本科大学有牡丹江医学院、牡丹江师范学院。
一、牡丹江本市本科大学名单
| 序号 | 学校名称 | 省份 | 城市 | 层次 | 备注 |
| 1 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 牡丹江 | 本科 | 公办 |
| 2 | 牡丹江师范学院 | 黑龙江 | 牡丹江 | 本科 | 公办 |
二、牡丹江医学院简介
牡丹江医学院位于黑龙江省牡丹江市，是黑龙江省属普通本科医药院校，是黑龙江省特色应用型本科高校建设单位、中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校，2015年在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期。
学校由1946年始建的牡丹江专区医院、1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建，历经了牡丹江医学院（1958—1962年）、牡丹江卫生学校（1962—1978年）、牡丹江医学专科学校（1978—1986年）、牡丹江医学院（1986年—）等历史时期，2013年获得硕士学位授予权。
三、牡丹江师范学院简介
牡丹江师范学院始建于1958年，历经东北农学院嫩江分院（1958年—1964年）、北安师范专科学校（1964年—1965年）、宁安师范专科学校（1965 年—1970年）和牡丹江师范学院（1970年至今）四个发展阶段，是全国首批学士学位授予单位。1995年9月，学校迁入牡丹江市，结束了近 40 年农村办学的历史。经过六十余年的发展，学校已成为黑龙江省东南部地区规模最大、综合实力最强的省属本科院校，是黑龙江省基础教育研究中心之一。2001年，学校顺利通过教育部本科教学工作合格评估。2006年，学校被批准为硕士学位授予单位。2009年，学校被教育部评为“高等学校本科教学工作水平评估优秀单位”。学校现具有学士、硕士两级学位授权体系。
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